1. Разные. Степень сжатия - отношение объема при нахождении поршня в НМТ к объему при нахождении поршня в ВМТ. Компрессия - давление, создаваемое в камере сгорания при перемещении поршня из НМТ в ВМТ.
НМТ - нижняя мертвая точка, ВМТ - верхняя мертвая точка.
2. Да, обязательно есть точка, называемая моментом перекрытия клапанов. Необходима для нормальной работы, так как есть такая штука как инерция, как в подвижных элементах, так и в среде газа. В идеале, должна меняться в зависимости от режимов работы ДВС, что на некоторых движках пытаются реализовать. Туда же относится такое явление, как угол перекрытия клапанов, определяемый положением коленчатого вала на различных фазах газораспределения. Блин, реально там целая теория.
3. Объем двигателя - это объем, замеряемый при нахождении поршня в НМТ, от донца поршня до ГБЦ, с учетом камеры сгорания. При увеличении камеры сгорания, объем натурально увеличивается.